Ang Maynila ang naging upuang kolonyal na pamahalaan ng Espanya noong opisyal na pinamahalaan ang mga isla ng Pilipinas ng tatlong siglo simula 1565 hanggang 1898. Noong inokyupa ng Britanya ang Pilipinas, ang lungsod ay pinamahalaan ng Gran Britanya ng dalawang taon simula 1762 hanggang 1764 na naging parte sa Pitong Taong Digmaan. Ang lungsod ay nanatiling kabisera ng Pilipinas sa pamamahala ng pamahalaang probisyonal ng mga Briton, na kumikilos sa pamamagitan ng mga arsobispo ng Maynila at ng Real Audiencia. Nasa Pampanga ang kuta ng mga armadong rebelde laban sa mga Briton.
Ang Maynila ay nakilala noong may kalakalang Maynila-Acapulco na tumagal ng tatlong siglo at nakapaghatid ng mga kagamitan simula sa Mehiko papunta ng Timog-silangang Asya. Noong 1899, binili ng Estados Unidos ang Pilipinas sa mga Espanyol at pinamahalaan ang buong arkipelago ng hanggang 1946.Noong ikalawang digmaang pandaigdig, nawasak ang malaking parte ng lungsod. Ang lungsod ay ang pangalawang pinakawasak na lungsod na sumusunod sa Warsaw, Poland noong ikalawang digmaang pandaigdig. Ang rehiyon ng kalakhang Maynila ay gumanap na entidad na may kasarinlan noong 1975.
Isang pandaigdigan lungsod ang Maynila at kilala bilang "Beta" ayon sa Globalization and World Cities Study Group and Network noong 2008.
